據廟碑記載，恆安宮內供奉的媽祖神像，源自明永曆年間鄭氏軍隊出師來台時，從福建莆田湄洲嶼恭迎的三尊軟身媽祖之一。當時，鄭軍航行途中迷失方向，危急時刻參軍陳永華發現前方有燈光引路，成功帶領艦隊安全抵達台灣。鄭軍進駐台灣後，陳永華選定六甲庄地靈人傑之地，建立土壁茅屋作為供奉媽祖的廟宇，這就是六甲恆安宮的起源。

隨著信徒日漸增多，廟宇數次進行擴建與重修。最早在乾隆57年（1792年），由地方富戶毛天申發起重建，將原本的瓦頂結構加以擴大。嘉慶22年（1817年），廟宇遭遇火災損毀，道光2年（1822年）再次由當地名門望族資助重建。民國6年，地方居民集資重修，至今，恆安宮已多次整修，成為今日規模宏大的建築，也是六甲最具代表性的信仰中心。

六甲恆安宮歷經數百年風雨，見證了六甲地區的歷史變遷與居民的信仰延續。如今，這座古老的媽祖廟依然是當地人心靈的依靠與重要的文化象徵。無論是信眾朝聖還是遊客探訪，恆安宮都是一個深入了解台灣宗教文化與歷史的重要景點。