起初，阿里山線並未設有以「阿里山」命名的車站，而是以沼平站作為阿里山地區的總站。然而，1976年11月9日，一場火災摧毀了沼平聚落。政府選定位於「第四分道」的地點設立新的阿里山車站，並建造中國宮殿式建築。隨著觀光客的增加，原有的沼平站空間不敷使用，1977年起，開始修建新的阿里山車站，於1981年正式啟用，並取名為「阿里山新站」。然而，1999年的九二一大地震使站體嚴重受損，站房成為危樓並被迫封閉。車站終點站的功能回到沼平站。

2003年，為了減輕沼平站的營運壓力，林務局在阿里山車庫旁設立臨時站，同時展開新站的重建工程。2007年9月，全新的阿里山車站正式落成，成為全台最大的木構車站。

如今，阿里山車站不僅是阿里山林業鐵路的總站，更是支線祝山線、沼平線和神木線的起點。這座車站結合歷史與現代，展現了阿里山鐵路獨特的風情與文化。

阿里山車站在歲月的洗禮中，從沼平站時代走到今日的華麗轉身，已成為遊客前往阿里山的必經之地。這座歷史悠久且富有故事的車站，不僅是交通樞紐，更是了解阿里山鐵路發展史的重要一環。無論是對於鐵道迷還是自然愛好者，阿里山車站都值得一探。